Назначенные прокуроры были обязаны следить за исполнением законов со стороны присутственных мест; в случае необходимости напоминать судьям об их обязанностях и останавливать их незаконные и несправедливые распоряжения или действия. Чтобы осуществить эту функцию, прокуроры должны были присутствовать на заседаниях этих учреждений. Непосредственное участие в уголовном преследовании прокуроры не принимали. Прокуратура лишь наблюдала за этим видом государственной деятельности так же, как и за всеми остальными ее видами. Какой-либо подчиненной зависимости между прокурорами не существовало. Все они прямо и непосредственно подчинялись генерал-прокурору. Они являлись «оком генерал-прокурора» на местах, от него получали указания. Наделяя прокуроров обязанностями, Петр I предусмотрел и некоторые гарантии их независимости. Так в одном из указов царя было установлено, что «генерал и обер-прокуроры ничьему суду не подлежат, кроме нашего». Вместе с тем Сенат наделялся правом ареста прокуроров, если Петр I будет находиться в отъезде. Опасаясь, что генерал-прокурор ввиду такой угрозы будет воздерживаться в некоторых случаях от сообщений о злоупотреблениях, устанавливалась безнаказанность всего того, что будет сделано прокурором не умышленно, а по ошибке. За различного рода злоупотребления и взятки прокуроры подлежали строжайшему наказанию вплоть до смертной казни. После смерти Петра I прокуратура перестала занимать то ключевое положение, которое ей отводилось во время его правления. С приходом на трон Анны Иоанновны все органы и учреждения прокуратуры были практически полностью упразднены. Прокуратура была восстановлена лишь в 1741 г.,в период правления дочери Петра I Елизаветы Петровны.
В апреле (27) 1722 г. издается более конкретный Указ «О должности Генерал-прокурора». На генерал-прокурора были возложены следующие полномочия: 1) проверка исполнения наказаний и приказов царя; 2) реагирование на все случаи неисполнения предписаний Петра I; 3) право по собственной инициативе вносить на рассмотрение Сената соответствующий закон в случае отсутствия «ясных указов» по тем или иным важным вопросам управления государством; 4) осуществление функции организации и ведения делопроизводства в Сенате. Сенатская канцелярия находилась под его непосредственным подчинением; 5) контроль за деятельностью фискалата. В 1722 г. кроме генерал-прокурора были введены должности обер-прокуроров для нахождения при нем и прокуроров, состоявших при всех коллегиях. Тогда же были назначены прокуроры при надворных судах, а затем и при губернских учреждениях.
При создании прокуратуры органы фискалата были подчинены надзору генерал-прокурора. Однако после назначения генерал-фискала последовал указ о том, чтобы все фискальские доношения направлялись последнему. До конца царствования Петра I оба института существовали параллельно, причем в ряде случаев деятельность органов прокуратуры основывалась на фискальных материалах. В 1729 г. фискалат в целом был упразднен Верховным тайным советом путем увольнения наличных фискалов без назначения новых. Остались только фискалы «для купецких дел», а также военный фискалат. В январе (12) 1722 г. Указом Петра I при Сенате назначается генерал-прокурор, о котором сказано: «Сей чин — яко око нашеи стряпчий в делах государственных». Первым российским генерал-прокурором становится ближайший сподвижник Петра I П.И. Ягужинский.
Становление прокуратуры в России неразрывно связанос именем Петра I. Осуществляя реформу административного управления, Петр I в 1711 г. учреждает ПравительствующийСенат. В своих указах он определяет, что основной задачей этого учреждения должно стать осуществление высшего надзора и распоряжения за всем государственным управлением, в его ведение отходит и так называемое бюджетное счетоводство. В связи с этим Петр I понимает, что необходим активный и действенный контроль за деятельностью Сената, и дает распоряжение о введении должности фискалов. Полномочия фискалов были определены так: «Действие же их сие есть — взыскание всех безгласных дел, т.е.: 1) всякие преступления указов; 2) всякие взятки и кражи казны и прочее, что ко вреду государственному интересу быть может, каково б оное имени не было; 3) також и прочие дела народные, за которых нет челобитчиков, например, ежели какого приезжего убьют или наследник последний своей фамилии во младенчестве умрет без завету духовной предков его и прочие тому подобные безгласные дела, иже не имеют челобитчика о себе».
Важную роль в организации и деятельности прокуратуры играют нормативные правовые акты, исходящие от Генерального прокурора РФ. Закон о прокуратуре предоставляет Генеральному прокурору РФ право издавать обязательные для исполнения всеми сотрудниками прокуратуры приказы, распоряжения, указания и инструкции, определяющие и разъясняющие вопросы организации деятельности органов прокуратуры, а также реализации мер материального и социального обеспечения прокурорских работников. Указанные нормативные правовые акты занимают особое место в деятельности органов прокуратуры, поскольку принимаются в соответствии с текущей оперативной обстановкой, складывающейся в результате непосредственной работы прокуратуры по реализации своих полномочий, а также управлению всей системой ее органов.Нормативные правовые акты, издаваемые Генеральным прокурором РФ, должны соответствовать следующим требованиям: во-первых, приниматься уполномоченным на это должностным лицом прокуратуры (Генеральным прокурором РФ или его заместителями); во-вторых, не противоречить Конституции и федеральному законодательству; в-третьих, быть обязательными для исполнения всеми прокурорами и следователями прокуратуры. Обязательное значение эти нормативные правовые акты имеют и для иных должностных лиц органов, поднадзорных прокуратуре.
Международные договоры РФ содержат достаточно большое количество норм, регламентирующих организацию и деятельность органов прокуратуры. К подобного рода нормативным актам необходимо, например, отнести Конвенцию о правовой помощи и правовых отношениях по гражданским, семейным и уголовным делам от 22.01.1993. Регламентируют вопросы деятельности органов прокуратуры и соответствующие указы Президента РФ. К ним, в частности, можно отнести Указы Президента РФ от 30.06.1997 № 659 «Об утверждении Положения о классных чинах прокурорских работников Российской Федерации», от 01.08.2007 № 1004 «Вопросы Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации» и др.
Нормы, регламентирующие деятельность прокурора в административном судопроизводстве, закреплены в КоАП. Например, в его ст. 25.11 содержатся указания наполномочия прокурора, который вправе: 1)возбуждать производство по делу об административном правонарушении; 2)участвовать в рассмотрении дела об административном правонарушении, заявлять ходатайства, давать заключения по вопросам, возникающим во время рассмотрения дела; 3)приносить протест на постановление по делу об административном правонарушении независимо от участия в деле, а также совершать иные предусмотренные федеральным законом действия.
Учитывая, что прокурорский надзор охватывает широкую сферу правоотношений, деятельность прокурора по отдельным направлениям регламентируется нормами, содержащимися в иных федеральных законах. Так, ст. 30 Закона о прокуратуре содержит правило, согласно которому полномочия прокурора по надзору за исполнением законов органами, осуществляющими ОРД, дознание и предварительное следствие, устанавливаются уголовно-процессуальным законодательством РФ и другими федеральными законами. Например, в соответствии со ст. 21 Закона об ОРД по требованию прокурора, обеспечивающих ОРД, руководители этих структур обязаны представить им оперативно-служебные документы, включающие в себя дела оперативного учета, материалыо проведении оперативно-розыскных мероприятий с использованием оперативно-технических средств, а также учетно-регистрационную документацию и ведомственные нормативные правовые акты, регламентирующие порядок проведения оперативно-розыскных мероприятий. Неисполнение законных требований прокурора, вытекающих из его полномочий по надзору за ОРД, влечет за собой установленную законом ответственность должностных лиц. Полномочия прокурора по осуществлению уголовного преследования, а также по надзору за исполнением законов органами дознания и предварительного следствия определеныв ст. 37 УПК.
Таким образом, в Конституции определены принципиальные вопросы организационного построения системы органов прокуратуры и далее в ней указано, что полномочия, организация и порядок деятельности прокуратуры РФ определяются федеральным законом. Им является Закон о прокуратуре. Закон о прокуратуре состоит из семи разделов, которые включают в себя 54 статьи. В этом Законе определены цели и задачи деятельности органов прокуратуры, ее основные функции, принципы организации и работы, система и структура органов прокуратуры, полномочия Генерального прокурора РФ и нижестоящих прокуроров, порядок назначения и освобождения их от должности. Закон определяет предмет прокурорского надзора относительно каждого из его основных направлений (отраслей), полномочия прокурора и средства прокурорского реагирования на выявленные нарушения закона. В нем также содержатся нормы, устанавливающие порядок прохождения службы в органах прокуратуры, ее кадровый состав, меры правовой и социальной защиты сотрудников.
Конституция определяет принципы организационного построения и непосредственной деятельности самой прокуратуры. Так, в ст. 129 Конституции сказано, что прокуратура составляет единую централизованную систему с подчинением нижестоящих прокуроров вышестоящим и Генеральному прокурору РФ. В этой же статье Конституции определен порядок назначения и освобождения от должности Генерального прокурора РФ, а также нижестоящих прокуроров. Данным конституционным положением закреплена независимость прокурорского надзора от иных ветвей государственной власти и обеспеченоее самостоятельное функционирование. Кроме того, оно способствует построению вертикали управления в системе органов прокуратуры таким образом, что надзор за соблюдением законности осуществляется на всех уровнях власти независимо от местнических сепаратистских тенденций. Однако специфика федеративного устройства российского государства и сложившиеся к моменту принятия Конституции социально-политические условия обусловили тот факт, что в ч. 3 ст. 129 Конституции закреплено положение, согласно которому прокуроры субъектов РФ назначаются на должность только после согласования с органами власти субъекта РФ. Однако органы власти субъектов РФ не имеют права принимать никаких правовых актов и решений относительно организации и деятельности прокуратуры, так как в соответствиис п. «о» ст. 71 Конституции законодательство и управление прокуратурой относится исключительно к ведению Российской Федерации.